西安交通大学医学部前身是国立北京医学专门学校，成立于1912年10月26日，这是中国政府举办的第一所国立西医学校。1928年11月，更名北平大学医学院，并以研究高深学术，培养医学专门人才为宗旨。
　　1937年抗日战争全面爆发，为反抗日本侵略，延续学脉，师生西迁陕西。道远险阻，辗转数千里，冲破层层封锁，历经3月余抵达西安，组建西安临时大学医学院。炮火中兴医办学，举步维艰；植根于三秦大地，砥砺前行，开创西北高等医学教育之先河。坚持医学教育八年余，抗战结束后扎根大西北。后几经易名，1950年改称为西北医学院，1956年改称西安医学院，1985年更名为西安医科大学，成为原卫生部直属的11所大学之一。2000年4月西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并，更名为西安交通大学医学院，2012年6月组建西安交通大学医学部。
机构设置
　　在学校的领导与支持下，医学部负责统筹管理医学教育的教学、科研、医疗服务等工作。医学部下设综合办公室、人才培养处、人力资源处、科学技术与学科建设处、医院管理处5个职能处室；拥有基础医学院、第一临床医学院（第一附属医院）、第二临床医学院（第二附属医院）、口腔医学院（附属口腔医院）、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学系等8个教学实体单位；设立转化医学研究院、MED-X研究院、药物科学与技术研究院、生物证据研究院、全球健康研究院、精准医疗研究院等6个研究院；建有实验动物中心、生物医学实验研究中心、环境与疾病相关基因教育部重点实验室、医学教育研究所、医院管理研究所等教学科研机构。
学科建设
　　医学部现有生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学6个一级学科博士学位授权点，1个临床医学博士专业学位授权点；8个一级学科硕士学位授权点，5个硕士专业学位授权点。有6个一级学科博士后科研流动站，4个国家重点学科（生理学、法医学、泌尿外科和皮肤病与性病学），24个国家临床重点专科，2个国家级疑难病症诊治能力提升工程项目（呼吸系统疾病和心脑血管疾病），12个省级重点学科，12个省级优势学科。拥有53门国家、省、校级“精品课程”，3门国家级和省级双语示范课程，5个国家和省级优秀教学团队。临床医学、药理与毒理学、生物与生物化学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学等5个学科进入ESI全球前1%行列。
师资队伍
　　医学教育师资力量雄厚，现有教职工8700余名，其中具有正高、副高专业技术职称者1300余人。师资队伍中有中国工程院院士1名，教育部创新团队2个，国家杰出（优秀）青年基金获得者5名，国家“百千万工程”人才4名，全国优秀教师4名，国家教学指导委员会副主任委员及委员10名，国家、省部级有突出贡献专家20名，省级教学名师9名，享受国务院政府特殊津贴专家138名。医学部着力汇聚一支以院士、杰青等为核心的高层次人才梯队和研究团队，培养与引进一批具有国际视野和学术竞争力的教师以及一批具有发展潜力的青年拔尖人才，塑造一批深受学生欢迎的授课教师以及医德高尚、医术精湛的良医，打造一支无私奉献、热心服务的职业化管理队伍，使医学部成为支撑健康中国战略和建设中国特色、世界一流大学的人才基地。
教育教学
　　医学部开设有临床医学（五年制、5+3一体化、侯宗濂医学实验班及留学生）、口腔医学（五年制、留学生）、预防医学（五年制）、法医学（五年制）、基础医学（五年制）、护理学、药学、制药工程等8个专业。截止2018年6月医学部在校学生总数5551名，其中本科生2764名，留学生632名，博士生564名，硕士生1591名。2007年，创办了以我国生理学奠基人之一、医学教育家侯宗濂先生命名的“侯宗濂医学实验班”。按照八年一贯制，以全新的教育模式致力于医学精英人才培养，力求打造“具备宽厚的人文社会科学、自然科学知识和开阔的国际视野，具备扎实的医学理论和临床技能，具备独立从事临床研究的能力，能够在医疗卫生领域从事临床医疗和医学科学研究工作，达到临床医学专业博士学位（MD）水平的、具有较大发展潜力的高素质、高层次准医生”。以教育部、国家卫生与健康委员会“卓越医生教育培养计划项目”和教育部“综合改革试点项目—临床医学专业”为契机，依据成果导向教育（Outcome based education，OBE）理念，针对医学教育普遍存在的问题，围绕准医生必备的知识、能力和素质需求，构建新型的以岗位胜任力为目标的临床医学人才培养体系。来华留学生教育一直是我校医学人才培养的重要组成部分，并已形成特色。自1995年开办留学生教育以来，累计招生2239名，是全国医学院校中首批开办留学生教育的高等学府，也是全国首批采用全英文教学的高等医药院校，为来华医科留学生教育事业的发展做出了应有的贡献。